Pesona itu berasal dari warna ketiga danau yang berbeda satu sama lain. Warnanya juga diketahui selalu berubah dari waktu ke waktu.
Adapun suku terbesar di wilayah Kabupaten Ende, yakni Suku Lio, meyakini Kelimutu adalah tempat sakral yang disebut dalam bahasa setempat "keli eo bhisa gia" atau yang memiliki makna gunung yang sakral.
