- Dua Bom meledak di Ambon pada 21 Maret 2005
- Bom Tentena, 28 Mei 2005. 22 orang tewas.
- Bom Pamulang, Tangerang, 8 Juni 2005. Bom meledak di halaman rumah Ahli Dewan Pemutus Kebijakan Majelis Mujahidin Indonesia Abu Jibril alias M Iqbal di Pamulang Barat. Tidak ada korban jiwa.
- Bom Bali, 1 Oktober 2005. Bom kembali meledak di Bali. Sekurang-kurangnya 22 orang tewas dan 102 lainnya luka-luka akibat ledakan yang terjadi di R.AJA's Bar dan Restaurant, Kuta Square, daerah Pantai Kuta dan di Nyoman Café Jimbaran.
- Bom Pasar Palu, 31 Desember 2005. Bom meledak di sebuah pasar di Palu, Sulawesi Tengah yang menewaskan 8 orang dan melukai sedikitnya 45 orang.
2009
- Bom Jakarta, 17 Juli 2009. Dua ledakan dahsyat terjadi di Hotel JW Marriott dan Ritz-Carlton, Jakarta. Ledakan terjadi hampir bersamaan, sekitar pukul 07.50 WIB.
2010
- Penembakan warga sipil di Aceh Januari 2010
- Perampokan bank CIMB Niaga September 2010
2011
- Pada 15 Maret hingga 17 Maret 2011 terjadi Teror bom buku di Jakarta kepada tokoh dari berbagai latar belakang dengan mengirimkan paket buku berisi bom. Teror bom buku dimulai pada 15 Maret 2011 yang ditujukan kepada tokoh Jaringan Islam Liberal, Ulil Abshar Abdalla.
- Bom Cirebon, 15 April 2011. Ledakan bom bunuh diri di Masjid Mapolresta Cirebon saat Salat Jumat yang menewaskan pelaku dan melukai 25 orang lainnya.
- Bom Gading Serpong, 22 April 2011. Rencana bom yang menargetkan Gereja Christ Cathedral Serpong, Tangerang Selatan, Banten dan diletakkan di jalur pipa gas, namun berhasil digagalkan pihak Kepolisian RI
- Bom Solo, 25 September 2011. Ledakan bom bunuh diri di GBIS Kepunton, Solo, Jawa Tengah usai kebaktian dan jemaat keluar dari gereja. Satu orang pelaku bom bunuh diri tewas dan 28 lainnya terluka.
2012 - Bom Solo, 19 Agustus 2012. Granat meledak di Pospam Gladak, Solo, Jawa Tengah. Ledakan ini mengakibatkan kerusakan kursi di Pospam Gladak.
2013
Baca Juga:Viral Ustaz Hasyim Yahya : Orang Islam Baik Jadi Teroris
- Bom Polres Poso 2013, 9 Juni 2013 dengan target personel polisi yang sedang apel pagi. Bom meledak di depan Masjid Mapolres Poso, Sulawesi Tengah. 1 orang petugas bangunan terluka di tangan sebelah kiri, sementara pelaku bom bunuh diri tewas di tempat.
2016
- Bom dan baku tembak Jakarta, 14 Januari 2016. Ledakan dan baku tembak di sekitar Plaza Sarinah, Jalan MH Thamrin, Jakarta Pusat.
- Pada tanggal 5 Juli 2016, ledakan bom bunuh diri meledak di halaman Markas Kepolisian Resor Kota Surakarta, Surakarta, Jawa Tengah. 1 pelaku tewas dan 1 petugas kepolisian luka-luka.
- Pada 28 Agustus 2016, sebuah ledakan bom bunuh diri terjadi di Gereja Katolik Stasi Santo Yosep, Jalan Dr Mansur, Kota Medan, Sumatra Utara. Pelaku mengalami luka bakar, sedangkan seorang pastor mengalami luka ringan.
- Pada 13 November 2016, sebuah bom molotov meledak di depan Gereja Oikumene Kota Samarinda, Kalimantan Timur. Empat anak-anak terluka dan satu korban di antaranya meninggal dunia dalam perawatan di rumah sakit.
- Pada 14 November 2016, sebuah bom molotov meledak di Vihara Budi Dharma, Kota Singkawang, Kalimantan Barat.
2017
- Bom Bandung, 27 Februari 2017, sebuah bom panci meledak di Taman Pandawa Cicendo, Bandung. Pelaku diketahui bernama Yayat Cahdiyat alias Dani alias Abu Salam (41) yang merupakan anggota Jamaah Ansharut Daulah (JAD) jaringan Bandung Raya
- Bom Jakarta, 24 Mei 2017, sebuah bom panci meledak di Kampung Melayu, Jakarta Timur. Menewaskan 3 polisi dan 2 pelaku dan melukai 14 orang.
2018
- Kerusuhan Mako Brimob, 8-10 Mei 2018, Penyanderaan sejumlah anggota brimob dan densus 88 selama 36 jam oleh 156 Napi Terorisme di Mako Brimob, Kelapa Dua, Depok. Dilaporkan, 5 perwira Polri gugur dan 1 napi teroris tewas, sedangkan 4 perwira Polri luka berat/ringan.
- Bom Surabaya, 13-14 Mei 2018. Sedikitnya lima belas orang tewas dan puluhan lainnya terluka setelah serangkaian pengeboman bunuh diri di tiga gereja di Surabaya, Jawa Timur. Pada malam harinya, sebuah bom meledak di Rusunawa Wonocolo, Sidoarjo, Jawa Timur. Keesokan harinya, sebuah bom meledak di Mapolrestabes Surabaya, Jawa Timur, pada 14 Mei 2018, pukul 08.50 WIB. Semua pelaku yang melakukan rentetan teror bom di Surabaya dan Sidoarjo ini merupakan anggota dari jaringan Jamaah Ansharut Daulah (JAD), yang berafiliasi dengan Negara Islam Irak dan Syam (ISIS).
- Serangan Mapolda Riau, 16 Mei 2018, Mapolda Riau diserang oleh kelompok teroris Jamaah Ansharut Daulah (JAD). Setidaknya, satu orang polisi gugur, dua orang polisi luka-luka, dan dua jurnalis luka-luka. Empat orang teroris tewas tertembak, sedangkan satu orang teroris yang berperan sebagai pengemudi mobil melarikan diri.
- Pada 5 Juli 2018, tiga bom meledak di sebuah rumah di Desa Pogar di Bangil di Kabupaten Pasuruan, Provinsi Jawa Timur, melukai anak pelaku, Pemilik bom kabur, tapi istrinya ditangkap polisi.
2019
- Bom Sibolga, 12-13 Maret 2019. 2 orang luka-luka.
- Pada 10 Oktober 2019, Menkopolhukam Wiranto ditusuk oleh penyerang menggunakan kunai saat kunjungan kerja di Pandeglang, Banten. Seorang polisi juga ditusuk dari belakang. Setelah kejadian itu Polda Banten menangkap pelaku, pelaku terdiri dari satu pria dan satu wanita. Nama pelaku yaitu Syahrial Alamsyah alias Abu Rara, dan istrinya Fitri Andriana, diduga terkena ajaran radikal ISIS.
- Bom Medan, 13 November 2019, 1 pelaku tewas, 6 orang luka-luka.
2020
Baca Juga:Eks Ka BNPT Ansyaad Mbai: Teroris Nilai Islam Terpuruk dari Non Muslim
- Penyerangan di Sigi, 27 November 2020. Sebuah keluarga tewas dibunuh oleh orang tidak dikenal di Lembantongoa, Palolo, Sigi, Sulawesi Tengah. Mereka ditemukan dalam keadaan tewas mengenaskan sementara tujuh rumah termasuk rumah yang biasa dijadikan tempat peribadahan umat Kristen turut dibakar. Pelaku kemudian diketahui adalah kelompok teroris pimpinan Ali Kalora dari Mujahidin Indonesia Timur.
- Penyerangan Polsek Daha Selatan, 01 Juli 2020. Pelaku membakar mobil patroli dan menewaskan 1 orang petugas Kepolisian.
2021