Pada 19 November 2005 kembali diumumkan seorang pelaku bernama Ayib Hidayat berusia 25 tahun dari Kampung Pamarikan, Ciamis, Jawa Barat sebagai pelaku bom di restoran R.AJA’s.
Dalam pengusutan itu juga ditangkap salah seorang tersangka anggota komplotan teroris yaitu Mohammad Cholili. Ia dijatuhi hukuman 18 tahun penjara pada tahun 2006 karena sudah membantu Noordin M.Top dan Dr. Azahari untuk merakit bom yang meledak pada sejarah bom bali 2005. Cholili dinyatakan bebas bersyarat pada Rabu tanggal 6 Agustus 2014 melalui remisi karena berkelakuan baik dan tidak pernah melanggar aturan di penjara.
Pembebasannya setelah menjalani separuh masa tahanan sudah mendapatkan rekomendasi dari Detasemen 88 dan Badan Nasional Penanggulangan Teroris. Aktivitasnya akan terus dipantau dan tidak dapat keluar negeri tanpa persetujuan Kementrian Hukum dan HAM. Jika ada tindakan kriminal yang dilakukan, ia akan dikembalikan ke penjara.
Presiden Susilo Bambang Yudhoyono melalui konferensi pers mengemukakan bahwa peringatan akan serangan terorisme di Indonesia telah didapatkan mulai Juli 2005, tetapi ada kemungkinan aparat menjadi lalai karena pada saat itu juga terjadi kenaikan harga BBM yang membutuhkan pengawasan lebih.
Tanggal 2 Oktober dalam konferensi pers berikutnya untuk membahas sejarah bom bali pada 2005, Inspektur Jenderal Made Pangku Pastika menunjukkan video mengenai salah satu pengebom ketika masuk ke Restoran Raja di Kuta dengan membawa ransel dan meledakkannya.
Kemudian pada 9 November 2005, polisi menyergap sebuah vila di Kota Batu, Malang. Penyergapan itu menewaskan Dr. Azahari yang merupakan salah satu buronan asal Malaysia dan dianggap sebagai pembuat bom dalam dua kali peristiwa pengeboman di Bali. Pada hari yang sama di Semarang, dilakukan juga penyergapan dan perburuan buronan lainnya yaitu Noordin M. Top.
Polisi menemukan sejumlah barang bukti dari para pelaku dalam sejarah bom bali 2005 berupa rekaman kesaksian ketiga pelaku bom bunuh diri, dua ktp milik dua dari pelaku pengeboman. Dalam rekaman video salah seorang pelaku memberi pernyataan bahwa perbuatan yang dilakukan akan membuat mereka masuk ke surga. Rekaman tersebut kemudian digunakan untuk mencocokkan wajah pelaku dengan kepala yang ditemukan di lokasi pengeboman. Pada 16 November kaset tersebut kemudian diputarkan kepada 12 kiai di Jawa Timur oleh Wapres Jusuf Kalla, agar para kiai dapat meneruskan kepada masyarakat mengenai ajaran Islam yang dipahami secara salah oleh para pengebom.
Sejarah bom bali pada 2005 tidak memberikan dampak yang terlalu signifikan seperti pada peristiwa tahun 2002 karena tidak terlalu terlihat para wisatawan asing yang langsung pulang ke negaranya seperti dulu. Sempat terjadi pelemahan mata uang rupiah sekitar 100 poin pada pembukaan perdagangan yang dilakukan sehari setelah kejadian menjadi Rp.10.400, tetapi pada penutupan perdagangan berkurang menjadi RP.10.350 sehingga total pelemahan menjadi hanya 15 poin.
Begitu juga pada Indeks Harga Saham Gabungan Bursa Efek Jakarta yang mampu memulihkan diri dari pengaruh perdagangan sehari setelah peristiwa sejarah bom bali 2005. Berbeda dengan sejarah peristiwa bom bali pertama yang mempengaruhi sektor pariwisata dan ekonomi secara signifikan di Bali. (sumber: sejarahlengkap.com)