Gedung terminal lama selanjutnya dialihfungsikan menjadi terminal domestik, sedangkan terminal domestik yang lama digunakan sebagai gedung cargo, usaha jasa catering dan gedung serba guna.
Pengembangan Fasilitas Bandara dan Keselamatan Penerbangan (FBUKP) Tahap I Proyek FBUKP tahap I (1990 – 1992) meliputi Perluasan Terminal yang dilengkapi dengan Aviobridge, perpanjangan landas pacu menjadi 3.000 meter, relokasi taxiway, perluasan apron, renovasi dan perluasan gedung terminal, perluasan pelataran parkir kendaraan, pengembangan gedung kargo, gedung operasi serta pengembangan fasilitas navigasi udara dan fasilitas catu bahan bakar pesawat udara.
Pengembangan Fasilitas Bandara dan Keselamatan Penerbangan (FBUKP) Tahap II Proyek FBUKP tahap II (1998-2000), pengembangan bandara dikerjakan oleh Direktorat Jenderal Perhubungan Udara, antara lain dengan memanfaatkan hutan bakau seluas 12 Hektar untuk digunakan sebagai fasilitas keselamatan penerbangan.
Rencana Proyek FBUKP tahap III meliputi Pengembangan Gedung Terminal, Gedung Parkir, dan Apron. Luas terminal domestik dikembangkan hingga total luasnya mencapai 12.000 m2 yang nantinya akan digunakan sebagai terminal internasional. Adapun eksisting terminal internasional akan dialih-fungsikan menjadi terminal domestik. Dengan kondisi tersebut, Bandara Ngurah Rai akan mampu menampung hingga 25 juta penumpang. (dari berbagai sumber)
